تقتصر العضوية في الإتحاد على الجمعيات الأهلية الفلسطينية غير الهادفة للربح والتي ترغب في الانضمام للإتحاد طواعية. وتنقسم عضوية الجمعيات في الإتحاد إلى نوعين:

أ‌) جمعية ذات عضوية فاعلة وتسمى "عضو فاعل"

ويقصد بذلك أنها جمعية أهلية فلسطينية مستوفية لجميع شروط العضوية في الإتحاد وتتمتع بعضوية كاملة به كما تتمتع بجميع الحقوق والإمتيازات والخدمات التي يقدمها الإتحاد لأعضائه، كما يحق لمفوضها الرسمي حضور اجتماعات الهيئة العامة مع أحقيته بالتصويت والترشح لعضوية الهيئة الإدارية للإتحاد أو التصويت على أي قرارت مصيرية تخص الإتحاد.

ب‌) جمعية ذات عضوية مؤازرة وتسمى "عضو مؤازر"

ويقصد بذلك أنها جمعية أهلية فلسطينية مستوفية لجزء من شروط العضوية في الإتحاد ولا تتمتع بعضوية كاملة به لكنها مؤازرة لرؤيته ورسالته وغاياته وسياساته وملتزمة بها. ويحظى هذا النوع من الجمعيات بالخدمات التي يقدمها الإتحاد، لكنه لا يحق لمفوض الجمعية المؤازرة الرسمي حضور اجتماعات الهيئة العامة كما لا يحق له التصويت والترشح لعضوية الهيئة الإدارية للإتحاد أو التصويت على أي قرارت مصيرية تخص الإتحاد.